Clarence Leonidas «Leo» Fender fundó la empresa en 1946 en California. No era guitarrista: era técnico en electrónica, y eso se nota en todo lo que hizo. Su idea fue construir guitarras como quien arma un aparato, con piezas atornilladas que cualquiera pudiera reemplazar.

En 1950 salió la Telecaster, la primera guitarra eléctrica de cuerpo sólido producida en serie. En 1951, el Precision Bass, que es literalmente el primer bajo eléctrico del mundo y cambió para siempre cómo se para una banda en el escenario. En 1954 llegó la Stratocaster, con tres micrófonos y puente con vibrato, y en 1960 el Jazz Bass.

Leo vendió la empresa a CBS en 1965 por 13 millones de dólares. Veinte años después, en 1985, un grupo encabezado por Bill Schultz se la recompró a CBS por 12.5 millones, regresó la producción a Estados Unidos y abrió el Custom Shop.